O santuário funciona numa gruta de pedra descoberta em 1691 pelo português Francisco Mendonça Mar. Francisco era ourives e artista, mas depois de ser contratado para pintar o Palácio da Aclamação, ao invés de receber apenas o seu pagamento, ele foi jogado na prisão como escravo e açoitado. Quando solto, Francisco decidiu deixar a cidade onde morava para viver como eremita em umas das grutas da região. Levou com ele imagens de Jesus crucificado e a também da Nossa Senhora da Soledade e passou a prestar assistência aos doentes e necessitados por lá.

Com o tempo, os garimpeiros que passavam por perto do local perceberam a luminosidade das velas acendidas pelo português dentro da gruta. Mais de 300 anos depois, Bom Jesus da Lapa recebe nesse Santuário, milhares de turistas e religiosos em romaria em uma gruta tem 90 metros de altura e 2.000 metros de diâmetro. Em seu interior, concentram-se grutas decoradas com imagens sacras que fortalecem a fé dos romeiros e turistas.

Fonte adaptada: http://cbhsaofrancisco.org.br